Ствол мозга анатомически можно поделить на средний мозг (mesencephalon), варолиев(мост) и на продолговатый мозг (medulla oblongata). Биогенетически, мозжечок ипромежуточный мозг тоже являются частями ствола мозга.
    Ствол мозга, имеет самое низкое эволюционное развитие и является старейшей частью мозга. Он соприкасается с промежуточным мозгом, а сверху, как купол, расположен головной мозг.
    Продолговатый мозг является переходом из спинного мозга в головной мозг. Его строение, схоже со строением спинного мозга.
    Здесь расположены рефлексные центры жевания, глотания, слюновыделения, и защитные рефлексы, такие как чиханье, кашель и т.д., плюс нервные пути пирамидального пути, которые пересекаются ниже моста, кроме этого, центр управления автоматического функционирования сердцебиения, дыхания и обмена веществ.
    Расположенный рядом мост по сути является ретрансляционной станцией нисходящих(центробежных) нервных путей головного мозга, которые здесь меняются на волокна, идущие к мозжечку.
    Средний мост, в свою очередь, переходит в промежуточный мозг, который является ретрансляционной станцией автоматической последовательности движений, таких как поворот тела, зрительной и слуховой систем, его еще называют, красные ичерные ядра .
    Двенадцать главных пар нервов, идущих из мозга, 10 непосредственно выходят из ствола мозга (III-XII). Черепные нервы пронумерованы римскими цифрами, в порядке возрастания. По все протяженности ствол мозга покрыт сетью нервных клеток (formatio reticularis = сетевое вещество ) совокупность групп клеток называемых ядрами.
    Эти области ядер, ствола мозга , с одной стороны являются объектом контролирования головного мозга, а с другой стороны принимают участие в функционировании таких важных систем спинного мозга, как системы ритма отдыха/ сна, внимания, и позволяют нашему телу реагировать на множество различных импульсов.
    Это представляется возможным благодаря огромному количеству прямых и косвенных соединений всех частей нервной системы, с мозгом, с мозжечком и ядрами ствола мозга, такими как черные, красные и оливия. Сеть нервных клеток также является частью экстрапирамидной двигательной системы, которая отвечает за тон мышц и их реакцию на возбуждение.