Промежуточный мозг расположен между средним мозгом иголовным мозгом. Промежуточный мозг можно разделить на четыре отдела:

• Эпиталамус
• Спинной таламус
• Субталамус
• Гипоталамус

    Гипоталамус имеет особое значение при управлении вегетативной нервной системой. Он является высшим органом управления этой системой. Гипоталамус, в свою очередь, контролируется лимбической системой . Гипоталамус контролирует такие важные функции как энергетический, тепловой и водный баланс тела, циркуляция крови, контролирует цикл овуляции, сокращение матки во время родов, участвует в управлении функции сна. Это достигается с помощью инстинктов, посредством гормонов, производство которых контролируется гипофизом (hypophysis).
    Таламус является конечной точкой всех чувствительных нервных путей. Здесь, пути переключаются на соответствующие системы волокон и сигналы передаются в головной мозг.
    Эпиталамус является отростком таламуса и выполняет роль ретрансляционной станции между обонятельными центрами, стволом мозгаи шишковидным эпифизом (epiphysis cerebri).
    Субталамус служит двигательной областью промежуточного мозга и является частью экстрапирамидной двигательной системы.